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HiFi Sequencing Advantage for Metagenome Assembly

2021-01-27 10:23:18

 

Higher read accuracy drives assembly quality


높은 정확도와 긴 read 길이의  HiFi 데이터는 metagenome assembly의 오랫동안 지속되어온 난제를 극복할 수 있는 가능성을 보여줍니다. 고품질 Metagenome Assembled Genome (MAG)과 Cicularized MAG (CMAG) 를 생성하는 데 필요한 variation이 삭제될 수 있는 error correction 단계에 영향을 받지 않습니다. 또한, 복잡한 커뮤니티에서 밀접하게 연관된 종을 정확하게 assembly 할 수 있고 낮은 빈도로 존재하는 종의 분석을 개선할 수 있는 잠재력을 보여줍니다. 

 


 

 

 

아래의 자료에서 좀더 자세한 내용을 살펴보실 수 있습니다. 

     


On-demand Webinar : HiFi Sequencing for Metagenomics
2020 PacBio / CSHL Microbiome Virtual Workshop에서 진행되었던 ‘HiFi Sequencing for Metagenomics’ 웨비나에서 실제로 Shoreline Biome microbiome assay kit와 PacBio long read data를 이용하여 metagenome assembly를 향상 시킨 USDA 연구팀 사례를 확인하실 수 있습니다.

 

    

 

 

Strain-level fingerprinting with 16S for pathogen tracking in NICU preemies  

 

미생물 군이 진화함에 따라 미생물 균주를 식별하고 추적하는 것은 미생물 군유 전체 연구 분야의 주요 과제입니다. 두 개의 다른 신생아 중환자 실 (NICU)에서 동시에 입원한 쌍둥이의 미생물군 유전체 샘플에서 16S 및 23S rRNA 유전자에 걸쳐있는 ~ 2,500 염기 앰플리콘을 사용하여 분석 후 새로운 16S-23S rRNA 데이터베이스에 매핑하였습니다.

Tracking Closely Related Enteric Bacteria at High Resolution in Fecal Samples of Premature Infants Using a Novel rRNA Amplicon
Joerg Graf et.al

 

 

 

 

HiFi Reads Offer the Benefits of Short Reads and Long Reads in One Easy-to-Use Technology 

 

 

HiFi read는 모든 변이 유형을 감지할 수 있는 높은 정확도 (> 99.9 %)와 가장 복잡한 유전체와 전체 전사체를 assemble하는데 필요한 충분히 긴 길이(최대 25kb)를 제공합니다.


 


 

 

 

 

 

 

Shoreline Complete Strain ID™ Kit

미생물 집단이 인간의 건강에 어떻게 영향을 미치는지 보다 더 잘 이해하기 위해서는 Strain 수준의 미생물 프로파일링이 필요합니다. rRNA gene amplicon을 이용한 미생물 프로파일링은 빠르고 적은 비용으로 할 수있어 널리 알려진 방법이지만, 현재 사용되고 있는 short-read 16S rRNA 방법은 일반적으로 근접한 연관 관계에 있는 변종을 구별할 수 없습니다. 

“Shoreline Complete Strain ID Kit” 는 16S-23S long amplicon을 구성하여 PacBio사의 Sequel system에 적용, High throughput으로 빠르게 rRNA 유전자를 분석, Strain 수준의 분류를 할 수 있습니다. Lysis 부터 DNA추출, 긴 amplicon primers 및 database를 포함한 분석 소프트웨어까지 제공함으로써 근접 관계에 있는 미생물 strain도 구별할 수 있습니다.

 



 

 

 



 

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