Microbiome연구에서의 극복해야할 과제는 장내 미생물이 인간의 건강과 질병에 미치는 영향 및 메커니즘을 이해하고 효능을 평가하는 데 필요한 분류학적 해상도를 달성하는 것입니다. SMRT 시퀀싱이 하나의 해결책으로 부상하고 있습니다.
최근 PacBio HiFi read를 이용한 full length 16S sequence로 더 높은 분류학적 해상도를 얻을 수 있고, shotgun data로 더 풍부한 정보를 제공함으로써, short- read를 이용한 shotgun metagenomics 및 partial 16S gene sequencing의 대안이 될 수 있습니다.
이번 웨비나에서는 실제 살아있는 미생물 기반 약물 (Live Biotherapeutic Product) 임상 시험 데이터를 포함한 실제 사례를 공유할 예정입니다.
다음과 같은 내용을 확인하실 수 있습니다.
HiFi Reads Offer the Benefits of Short Reads and Long Reads in One Easy-to-Use Technology
HiFi read는 모든 변이 유형을 감지할 수 있는 높은 정확도 (> 99.9 %)와 가장 복잡한 유전체와 전체 전사체를 assemble하는데 필요한 충분히 긴 길이(최대 25kb)를 제공합니다.
Shoreline Complete Strain ID™ Kit
미생물 집단이 인간의 건강에 어떻게 영향을 미치는지 보다 더 잘 이해하기 위해서는 Strain 수준의 미생물 프로파일링이 필요합니다.
rRNA gene amplicon을 이용한 미생물 프로파일링은 빠르고 적은 비용으로 할 수있어 널리 알려진 방법이지만, 현재 사용되고 있는 short-read 16S rRNA 방법은 일반적으로 근접한 연관 관계에 있는 변종을 구별할 수 없습니다.
“Shoreline Complete Strain ID Kit”는 16S-23S long amplicon을 구성하여 PacBio사의 Sequel system에 적용, High throughput으로 빠르게 rRNA 유전자를 분석, Strain 수준의 분류를 할 수 있습니다.
Lysis 부터 DNA추출, 긴 amplicon primers 및 database를 포함한 분석 소프트웨어까지 제공함으로써 근접 관계에 있는 미생물 strain도 구별할 수 있습니다.
