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역사속 콜레라 샘플에 대한 PacBio 시퀀싱 결과

2019-05-15 09:00:00

PUBLICATION 

  

 

Sequencing of Historical Cholera Sample 

 

홍역 등 거의 멸종되었다고 여겨지던 달갑지 않은 질병들이 개발 도상국뿐만 아니라 교외 지역 사회에서도 증가하고 있습니다. 이 위협적인 미생물들의 진화를 보다 잘 이해하기 위해 웰컴 생거 연구소 (Wellcome Sanger Institute)와 영국 공중 보건부 (Public Health England)의 연구진들은 영국의 National Type of Cultures (NCTC) 에 보관되어 있는 샘플을 시퀀싱해왔습니다. 

 

가장 마지막은 1916년 영국군 병사로부터 추출된 콜레라 박테리아에 대한 것입니다. 이 샘플 (일명 NCTC30)은 공개적으로 사용가능한 V. 콜레라 (V. cholerae)중 가장 오래된 것으로, 연구진은 PacBio SMRT 시퀀싱을 사용하여 전체 게놈을 시퀀싱하였습니다. 또한 197 개의 V. 콜레라 (V. cholerae) 게놈 서열과 소수의 관련 비브리오 종 (Vibrio species) 서열을 포함하는 범게놈 (pan-genome) 및 계통 발생 분석을 수행하였습니다. 

 

놀라운 점은, 균주 NCTC30은 콜레라 독성이없는 것으로 밝혀졌습니다. 이것은 전세계적인 콜레라 대유행에도 불구하고 왜 1914 - 1918년 동안 영국군에서는 병사들이 쇠약해질 정도의 설사를 일으키는 일이 거의 없었는지를 설명할 수 있습니다. 

 

또한, NCTC 30은 페니실린계 항생제가 도입되기 전에 수집되었음에도 b lactamase 항생제 내성 유전자를 보유하고 있음이 밝혀졌습니다. 

 

Well-Sanger Institute의 Nick Thomson 박사는 이에 대하여 "박테리아의 '항생제 내성 유전자'가 '페니실린 기반의 항생제'가 도입 되기 이전부터 '자연 발생 항생제'로부터 스스로를 보호하기 위하여 이미 존재하였다는 증거"라고 설명하면서 NCTC 30이 1961년에 시작된 현재의 '엘 토르 (El Tor)' 바이오 타입과 다르긴하지만, 질병의 진화를 더 잘 이해하기 위해서는 다른 시점에서의 균주들을 연구하는 것이 중요하다고 말하고 있습니다. 

 

 

The history, genome and biology of NCTC 30: a non-pandemic Vibrio cholerae isolate from World War One

Nicholas R. Thomson et al. 

Published:10 April 2019

https://doi.org/10.1098/rspb.2018.2025

 

 

 

 

추가 연구내용이 ASM 2019 (the American Society for Microbiology annual meeting , June 20-24) 에서 소개 될 예정입니다. PacBio booth (#1160) 에서 microbial whole genome sequencing 과 high definition metagenomics with HiFi reads on the new Sequel II system 에 대한 정보를 확인해보세요. 

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