SINGLE-CELL RNA SEQUENCING WITH HIFI READS
왜 PacBio HiFi read 여야 할까요?
Single cell 연구에는 read의 길이와 정확도 모두 필요로 합니다.
single-cell cDNA가 가지고 있는 cell barcode와 UMI (unique molecular indexes)를 구별하기 위해서는 99% 의 read accuracy가 필요합니다. HiFi read는 충분히 긴 길이와 illumina data 에 견줄 수 있는 매우 높은 정확도를 가지고 있습니다.
WORKFLOW : FROM RNA TO FULL-LENGTH TRANSCRIPTS AT A SINGLE-CELL LEVEL
Spotlight: HIT-scISOseq enables high throughput, high accuracy, single-cell sequencing of full-length transcripts
HIT-scISOseq은 Sequel II 시스템의 단일 SMRT Cell 8M를 사용하여 1,000만 이상의 매우 정확한 전장 isoform을 생성하는 high throughput 의 single cell isoform sequencing 방법입니다. 이 방법은 biotinylated PCR primer를 이용하여 전장 cDNA를 획득하고 새로운 head-to-tail concatenation 과정을 결합하여 표준 single cell RNA sequencing protocol보다 8 배 더 많은 데이터를 제공합니다.
Zheng, Y.-F., et al. (2020) HIT-scISOseq: High-throughput and high-accuracy single-cell full-length isoform sequencing for corneal epithelium. bioRxiv Preprint.
Publication : Recent scIso-Seq Discoveries & Developments
Spatial transcriptomics 및 long-read sequencing을 이용하여 출생 후 마우스 뇌에서 최초로 공간적으로 splicing map을 산출했습니다.
Schematic of the ScISOrSeq workflow (created with BioRender.com)
Three models of alternative splicing followed by differentially spliced genes across brain regions
Joglekar A., et al. (2020) Cell-type,
single-cell, and spatial signatures of brain-region specific splicing in
postnatal development | bioRxiv
ASHG PacBio Workshop: Single-cell isoform analysis of the nervous system
