진핵생물에서 유전자의 다양한 엑손 조합을 통해 기능적 다양성을 제공하는 Alternative Splicing(AS)은 생물학 및 질병 연구에서 중요한 역할을 합니다.
AS로 생성된 전체 길이의 전사체 isoform을 정확하게 분석하는 것은 필수적이나, short read 기반의 bulk RNA-Seq은 AS의 복잡성으로 인해 전사체 assembly를 완전히 해결할 수 없습니다. PacBio® 기술을 이용한 long read RNA-Seq(Iso-Seq® 방법)은 전체 길이의 cDNA를 시퀀싱하여 assembly 과정 없이도 다양한 연구 분야에서 새로운 발견을 가능하게 합니다.
Kinnex™ Full length RNA kit는 total RNA를 시작 물질로 사용하여, 기존 Iso-Seq 라이브러리보다 8배 향상된 처리량을 제공합니다. SMRT® Link 소프트웨어와 함께 사용할 경우, PacBio는 다른 시퀀싱 방법에 의존하지 않고도 효율적인 비용으로 isoform sequencing이 가능합니다. SMRT Link 소프트웨어는 풍부한 정보가 담긴 isoform classification report를 생성하여 추가 분석 도구에서 활용할 수 있도록 합니다.
HiFI sequencing advantages for full-length RNA sequencing
• Sequence full-length isoforms from 5’ to 3’ ends. • Accurately characterize splice sites. • Detect novel genes and isoforms. • Obtain isoform read count information. |
PacBio HiFi sequencing으로 전체 길이의 전사체를 sequencing하는 Iso-Seq 방법은 다양한 생물학 및 질병 분야에 활용되어 왔습니다.
특히 이 방법은 희귀 질환, 형질 특성, 신경계 질환과 관련된 비정상적인 splicing을 찾아내는 데 중요한 역할을 합니다. 암 연구에서는 암을 유발하는 변이, fusion 유전자, 암 백신 후보 물질이 될 수 있는 새로운 항원을 발견하는 데 사용됩니다. 또한, 식물과 동물 연구에서는 고품질의 genome annotation 작성과 부모로부터 유래한 특정 isoform 발현 패턴을 확인하는 데에도 기여하고 있습니다.
Kinnex public data
Kinnex public data는 주로 HG002 세포주와 Universal Human Reference RNA (UHRR)로 구성되어 있으며 추가적으로 WTC-11 세포주, 인간 뇌, 수수, 그리고 마우스의 샘플이 포함되어 있습니다.
