미생물은 인간, 식물, 동물 종 및 그들이 살아가는 환경의 생태계에서 필수적인 부분입니다. 미생물은 대사 활동을 수행하고 화합물을 생성 및 분해하며 건강, 체력, 표현형, 생태에 큰 역할을 합니다. 마이크로바이옴은 인간 건강에 있어 마이크로바이옴은 빠질 수 없는 요소이며, 장내 마이크로바이옴의 불균형은 염증성 장 질환(IBD), 당뇨병, 심혈관 질환, 대장암 및 신경계 질환과 같은 조건과 연결되어 있습니다. 이러한 관계는 미생물 군집 내 종의 특성을 보다 종합적으로 분석하고 이를 생물학적 결과와 연관 짓는 것에 대한 필요성을 증대시키고 있습니다.
마이크로바이옴 연구에서 정확한 미생물 종과 균주를 파악하는 것은 매우 중요합니다. 모든 박테리아는 16S rRNA 유전자를 가지고 있으므로 16S 시퀀싱을 통해서라면 metagenome 커뮤니티의 구성을 평가에 있어 신뢰할 수 있고 비용 효율적으로 접근할 수 있습니다. 특히, 낮은 박테리아 생체량 샘플에서는 염기 서열 결정이 최선의 접근 방법입니다. 그러나 관련 박테리아 간에 16S rRNA 유전자의 유사성이 높아 종 또는 균주 수준에서의 특성을 분석하기 위해 16S 유전자 전체(~1.5 kb)를 높은 정확도로 시퀀싱하는 것이 필수적입니다.
미생물 세계의 구성을 아주 정밀하게 파악할 수 있는 새로운 방법인 Kinnex 16S rRNA 키트는 미생물이 많지 않은 샘플에서도 효과적으로 사용할 수 있으며 효율적인 비용으로 사용 가능합니다.
Kinnex™ 16S rRNA 키트는 증폭된 16S gDNA 앰플리콘을 시작물질로 기존 16S 라이브러리에 비해 12배 높은 처리량을 제공하는 시퀀싱 라이브러리를 생성할 수 있습니다. 최대 1536-plex의 라이브러리 당 높은 정확성과 비용 효율적인 16S 시퀀싱이 가능하기에 미생물 연구에 이상적입니다.
MAS-Seq concatenation 기술을 사용하여 처리량을 증가시키고, 샘플 당 더 많은 종을 식별할 수 있게 해주며, 멀티플렉싱과 SMRT Link bioinformatics 워크플로우를 통해 비용적으로도 효과적인, 16S rRNA 전체 길이의 유전자 염기서열 분석이 가능합니다.
최근 비교 연구에 따르면, PacBio의 full-length 16S 시퀀싱은 다른 시퀀싱 방법을 능가하는 성능을 보였습니다.
Zymo Research 및 ATCC로부터 얻은 여러 참조 자료로 만든 데이터가 발표되었습니다. 이 데이터 세트는 Kinnex 키트의 concatenation 기술이 더 많은 리드를 생성하면서 각 16S read의 HiFi 정확도를 유지함을 보여줍니다.
Kinnex를 사용하여 Sequel II, IIe 및 Revio 시스템에서 더 높은 처리량을 달성할 수 있으며, 이는 샘플 당 더 높은 read depth를 만들 수 있습니다. 더 많은 데이터 덕분에, 더 많은 종류의 미생물을 정확히 알아낼 수 있습니다.
Kinnex 16S rRNA library workflow
마이크로바이옴 연구에서 정확한 미생물 종과 균주를 파악하는 것은 매우 중요합니다. Kinnex 16S rRNA 키트는 PacBio의 독특한 concatenation기 술을 통해, 기존 방법보다 처리량을 크게 늘리면서도, 연구 비용을 줄여줍니다. 더 많은 데이터와 함께, 더 정확하고 비용 효율적인 방법으로 마이크로바이옴을 연구하세요!
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